Eine sachgerechte und wirtschaftliche Jahresabschlussprüfung erfordert in vielen Branchen des öffentlichen Sektors spezielle Fachkenntnisse des Abschlussprüfers. Die Jahresabschlüsse sind bei Krankenhäusern, Pflegeheimen und Wohnungsbaugesellschaften nach speziellen Buchführungsverordnungen aufzustellen. Bei Unternehmen der öffentlichen Hand wird generell die Prüfung der Ordnungsmäßigkeit der Geschäftsführung und der wirtschaftlichen Verhältnisse gemäß § 53 Haushaltsgrundsätzegesetz (HGrG) mit beauftragt. Im Bereich der gemeinnützigen Krankenhäuser befasst sich die Abschlussprüfung nicht nur mit dem Jahresabschluss und dem Lagebericht, sondern der Prüfungsgegenstand wird mitunter in vielerlei Hinsicht erweitert.